Ein Großteil der Forschung wird über Drittmittel finanziert. Hierbei handelt es sich um öffentliche Zuwendungen sowie um Mittel aus Stiftungen und Wirtschaft, die neben der staatlichen Grundfinanzierung von Universitäten einen wesentlichen Teil der Forschungsförderung ausmachen. Die Drittmittelbilanz zählt zu den Indikatoren, die den wissenschaftlichen Erfolg sowie die Leistungs- und Wettbewerbsfähigkeit der Universität dokumentiert.

Trotz sinkender Anzahl an wissenschaftlichem Personal, reduzierter Finanzmittel durch Haushaltskürzungen und Sparvorgaben des Landes Berlin sind die Drittmitteleinnahmen und -ausgaben der Freien Universität Berlin seit mehr als 10 Jahren gestiegen. Die beachtliche Steigerung eingeworbener und verausgabter Drittmittel belegt die wissenschaftliche Leistungskraft der Freien Universität Berlin. So sind die Drittmittel-Nettoausgaben von 2010 bis 2023 von 106 auf 145 Mio. € gestiegen.